一般来说，在系统编程(ISP)是指依靠某种外部工具(除了常规的并行编程器以外)直接给处理器内部集成的程序存储器编程。这里所指的外部工具常见的有很多种，不同的处理器供应厂商可能提供不同的方案。例如，根据编程接口的不同，就有JTAG、单线、串口、SPI口等多种方式。尽管编程方式有所不同，但其原理都是类似的，就是依靠外部条件触发处理器，令其脱离正常执行的内部常规用户应用程序代码的进程，转而执行保存在其程序存储空间内某个固定位置处的控制擦除程序存储器及给程序存储器编程的代码(或是处理器外部提供的执行代码)，然后通过某种与PC计算机的通信方式，将用户指定的某个在PC上编译完成的嵌入式处理器可运行的二进制代码文件编程人嵌入式处理器内的程序存储器。这种编程方式只需要常规的硬件配置(某些处理器可能需要某些叫作下载线的简单硬件电路)支持，而不需要特别的编程器(指并行编程器)支持，所以即使处理器芯片已经焊接到了电路板上也可以实现编程，这也就是ISP的真实含义。