配置是连接FPGA软件设计到硬件功能实现的桥梁，配置电路部分有误，配置文件无法下载到配置器件中，对FPGA编程，则再好的设计都是浮云。

上电后，配置数据保存在配置RAM中，将配置数据载入配置RAM即是对FPGA编程。

配置方式有很多种，主要区别为FPGA所处的地位和打入数据的方式不同，其基本时序基本相同。基本时序波形如下：

配置过程主要由nCONFIG、nSTATUS、CONF_DONE以及可选的INIT_DONE四个状态信号控制。

一个器件完整的配置过程包括上电复位、配置、初始化三个阶段。正常上电后，nCONFIG管脚被拉低，器件复位，此时配置RAM的所有内容被清空，所有I/O处于高阻态，其余三个状态信号亦均被拉低，复位结束后，FPGA释放nCONFIG管脚，使其被外部上拉电阻拉高，FPGA在nCONFIG检测到由低到高的跳变沿，配置开始，同时FPGA采样MSEL的信号状态，决定接受何种配置模式。随后，FPGA释放nSTATUS管脚，外不上拉电阻将其拉高，FPGA在nSTATUS管脚检测到由低到高的跳变沿，表示FPGA开始接受数据。配置数据由DATA管脚打入，配置时钟经DCLK管脚送入（被动方式下，主动方式DCLK由FPGA提供），配置数据在上升沿锁存至FPGA中，配置数据全部打入到FPGA后，FPGA释放CONF_DONE管脚，使其由外部上拉电阻拉高，说明配置结束，进入初始化过程。INIT_DONE是一个可选的指示初始化完成的信号（Device-Pin&Options-general），INIT_DONE在nCONFIG信号为低或配置的初期时为高电平，而当使能INIT_DONE的比特位（在配置数据的第一帧中）被配置进FPGA后，INIT_DONE信号变低，因此INIT_DONE信号由高到低的跳变表示FPGA配置真正开始，开始接收配置数据，如果INIT_DONE一直保持为高，说明FPGA没有接收到正确配置数据的文件头。当初始化结束后,FPGA释放它，使其由外部上拉电阻拉高。